Auch mit dem Ende der Epoche der Klostermedizin im späten Mittelalter hörte das Engagement der Mönche und Nonnen im Bereich der Medizin nicht auf. Zwar stand nun schon eine größere Anzahl von Ärzten zur Verfügung, die auf den neu gegründeten Universitäten ausgebildet worden waren. Die bedeutendsten Medizinschulen waren Montpellier in Südfrankreich und Padua in Norditalien, aber auch Paris spielte bald eine wichtige Rolle. Neben den akademischen Medizinern - auch Physici genannt - gab es die Wundärzte, deren Mitglieder keine Universität besucht hatten, sondern bei einem Meister in die Lehre gegangen waren.
Viele Orden unterhielten auch weiterhin Spitäler, besonders entlang der Pilgerwege nach Rom und nach Santiago de Compostela. Hier wurden Kranke und Alte gepflegt, Sterbende auf ihrem letzten Weg begleitet. Erst am Übergang vom Mittelalter zur Neuzeit begannen die Klöster damit, ihre Spitäler für die Öffentlichkeit zu schließen. In Deutschland und im übrigen Nordeuropa kam zudem das Aus für viele Ordenshäuser durch die Reformation.
Durch die Entdeckung Amerikas begann zugleich eine neue Epoche der Klostermedizin. Schon mit den ersten Schiffen der Entdecker und Eroberer kamen auch Mönche auf diesen Kontinent. Bald erkannten sie den Mangel an medizinischer Versorgung und begannen, ähnlich wie im frühmittelalterlichen Europa, sich um die Kranken zu kümmern.
Dabei verwendeten sie nicht nur das Wissen, das sie aus Europa mitgebracht hatten, sondern übernahmen auch die Heilpflanzen aus Mittel- und Südamerika, die von den Indianern genutzt wurden. Diese Pflanzen sandten sie dann zurück in die Heimat und bereicherten somit die europäische Heilkunde. So kamen die Passionsblume, die Kapuzinerkresse und viele weitere Pflanzen und Pflanzenstoffe zu uns.