Die Klosterapotheke brachte nicht nur die ersten Apothekerinnen hervor, auch die pharmazeutische Industrie hat ihr Vorbild in der Offizin der Monasterien. Einige Erzeugnisse aus Klosterapotheken wurden sehr populär, und weil die Klöster immer nach Einkommensquellen suchen mussten, begannen einige Abteien und Konvente damit, ihre Produkte in größeren Mengen herzustellen. Oft handelte es sich dabei um Destillate, denn die Kunst des Destillierens war im Mittelalter in den Klöstern weiterentwickelt und tradiert worden. So war der Melissengeist der Karmeliter aus Regensburg im 18. Jahrhundert in Deutschland der berühmteste seiner Art. Viele Ordensleute und ganze Klöster engagierten sich auch in der Forschung.
In den Jahren 1803 bis 1806 wurden durch die Säkularisation (Einziehung der Kirchengüter durch die weltliche Gewalt) sehr viele Klöster in Deutschland gewaltsam aufgelöst. Auch wenn manches Kloster innerhalb der folgenden 50 bis 100 Jahre wieder neu belebt wurde, die alte Bedeutung erlangten in Deutschland nur ganz wenige wieder. Deshalb muss man heute nach Österreich, besonders aber nach Italien schauen, um noch Klöster zu finden, die immer noch - oder in den letzten Jahren wieder - medizinische und hygienische Produkte herstellen und vertreiben. Auch aus den Ländern der ehemaligen Sowjetunion ist immer häufiger zu hören, dass dort Klöster in der medizinischen Versorgung der Landbevölkerung aktiv sind und auch selbst Kräuter anbauen und entsprechende Produkte herstellen.