Während viele Klosterspitäler ihre Pforten am Beginn der Neuzeit schlossen, erlebten die Klosterapotheken eine neue Blüte. Im Zeitalter der so genannten Gegenreformation, ab dem Ende des 16. Jahrhunderts und mit dem Beginn des Barock, kam es zu zahlreichen Neugründungen von Klöstern. Viele Klöster richteten eigene Apotheken ein, Männer- und Frauenklöster gleichermaßen. Manche standen lediglich der eigenen Gemeinschaft zur Verfügung, andere versorgten auch die gesamte Umgebung mit Arzneimitteln und Ratschlägen. Sie wurden oft aufwändig gestaltet, wie man dies in der ehemaligen Abtei Seligenstadt am Main, bei Aschaffenburg, wieder besichtigen kann. Erhalten hat sich zum Beispiel auch die Apotheke der Franziskanerinnen von St. Johannis im Gnadental zu Ingolstadt.
Gut dokumentiert ist das Beispiel der Elisabethinerinnen in München. Diese Frauengemeinschaft hieß eigentlich „Hospitalschwestern der heiligen Elisabeth" und hatte sich 1627 den Franziskanern angeschlossen. Die Frauen gelobten nicht nur Armut, Keuschheit und Gehorsam, wie die anderen Ordensgemeinschaften auch, sondern verpflichteten sich zusätzlich zur Pflege der Kranken und Armen. Im Schlösschen Azlburg in Straubing hatten sie ein Kloster eingerichtet, das auch ein Spital mit Apotheke umfasste. Eine zweite Niederlassung kam in München hinzu. Auch hier führten die Elisabethinerinnen neben dem Spital eine Apotheke, die in einem Bericht aus dem Jahr 1757 beschrieben wird. In der Apotheke arbeiteten drei Nonnen, eine als Apothekerin, zwei als Apothekengehilfinnen.
Die Apothekerinnen erhielten eine ordnungsgemäße Ausbildung und hatten nicht selten die Approbation. In Bayern war ab 1785 eine Approbation zur Führung einer Apotheke sogar Pflicht, obwohl die Offizinapotheker dagegen protestierten, weil die Ordensfrauen damit die gleiche berufsrechtliche Stellung innehatten. Aber es gab nicht nur Nonnen in den Klosterapotheken; in der Zisterzienserabtei Schöntal an der Jagst, eigentlich einem Männerkloster, gab es eine Apothekerin, Anna Maria Stroblin (gest. 1722), die in der dortigen Kilianskapelle eine bemerkenswerte Grabplatte erhalten hat.
Damit hatte die Apothekerin eine Vorreiterrolle für das Vordringen der Frauen in anspruchsvolle, professionell betriebene Berufsfelder eingenommen.