Die Anfänge der Klostermedizin liegen in der Spätantike. Ausgangspunkt ist die Ordensregel des Hl. Benedikt, des Begründers des Benediktinerordens. Die Mönche und Nonnen greifen auf das medizinische Wissen der antiken Ärzte zurück und übernehmen als Grundlage die Viersäftelehre, die sog. Humoralpathologie.
Die Klostermedizin basiert auf der antiken Lehre der Humoralpathologie, wie sie Galen aus Elementen, die bereits aus dem 5. und 4. vorchristlichen Jahrhundert stammen, formuliert hat, ohne freilich eine wirklich systematische Darstellung zu erreichen. Ihre völlige Ausformung findet sich erst in der arabischen Medizin (insbesondere bei Avicenna) und in Westeuropa in den medizinischen Werken des 12. und 13. Jahrhunderts.
Die ersten Schriften der Klostermedizin aus karolingischer Zeit zeigen zwar keinen direkten Bezug zur Viersäftelehre, weil dieser bei deren Hauptquelle Plinius und dessen Rezeptionsgeschichte (‚Medicina Plinii’ und ‚Physica Plinii’) fehlt. Ab dem 11. Jh. kommt die Viersäftelehre jedoch zum Tragen.