Zu Beginn des 19. Jahrhunderts endete mit der Säkularisierung die Geschichte der Klosterapotheken in Deutschland, nicht jedoch das Engagement der Orden auf dem Gebiet der Krankenversorgung. Im Verlauf des 19. Jahrhunderts wurden in Europa die sozialen Probleme, die durch die wirtschaftlichen Umwälzungen entstanden waren, nahezu unerträglich. So kam es zur Gründung neuer klösterlicher Gemeinschaften, die sich ganz der Pflege der Armen, Schwachen und Kranken widmen wollten. Viele schlossen sich dem Franziskanerorden an. Bis über die Mitte des 20. Jahrhunderts hinaus war in vielen Fällen die Krankenschwester in der Klinik wirklich eine Nonne, deren Leben ganz im Gebet und in der Krankenpflege aufging, jenseits von ausgehandelten Arbeitszeiten; freilich musste der Dienstplan die Gebetszeiten berücksichtigen. Noch heute gibt es in Deutschland einige wenige Krankenhäuser und Kurkliniken, die von einer Ordensgemeinschaft geführt werden.

Eine wesentlich größere Rolle auf dem Gebiet der Krankenpflege als in Europa spielen bekanntlich die Mönche und Nonnen in Afrika sowie in Asien und Südamerika. Allerdings betreiben die Nonnen und Mönchsärzte heute keine eigene Heilkunde, sondern arbeiten vorwiegend mit den Methoden der wissenschaftlichen Medizin, wobei sie gerne auch Heilverfahren der jeweiligen Länder mit berücksichtigen.