Auch mit dem Ende der Epoche der Klostermedizin im späten Mittelalter hörte das Engagement der Mönche und Nonnen im Bereich der Medizin nicht auf. Zwar stand nun schon eine größere Anzahl von Ärzten zur Verfügung, die auf den neu gegründeten Universitäten ausgebildet worden waren. Die bedeutendsten Medizinschulen waren Montpellier in Südfrankreich und Padua in Norditalien, aber auch Paris spielte bald eine wichtige Rolle. Neben den akademischen Medizinern - auch Physici genannt - gab es die Wundärzte, deren Mitglieder keine Universität besucht hatten, sondern bei einem Meister in die Lehre gegangen waren.
Viele Orden unterhielten auch weiterhin Spitäler, besonders entlang der Pilgerwege nach Rom und nach Santiago de Compostela. Hier wurden Kranke und Alte gepflegt, Sterbende auf ihrem letzten Weg begleitet. Erst am Übergang vom Mittelalter zur Neuzeit begannen die Klöster damit, ihre Spitäler für die Öffentlichkeit zu schließen. In Deutschland und im übrigen Nordeuropa kam zudem das Aus für viele Ordenshäuser durch die Reformation.
Die Klosterapotheke brachte nicht nur die ersten Apothekerinnen hervor, auch die pharmazeutische Industrie hat ihr Vorbild in der Offizin der Monasterien. Einige Erzeugnisse aus Klosterapotheken wurden sehr populär, und weil die Klöster immer nach Einkommensquellen suchen mussten, begannen einige Abteien und Konvente damit, ihre Produkte in größeren Mengen herzustellen. Oft handelte es sich dabei um Destillate, denn die Kunst des Destillierens war im Mittelalter in den Klöstern weiterentwickelt und tradiert worden. So war der Melissengeist der Karmeliter aus Regensburg im 18. Jahrhundert in Deutschland der berühmteste seiner Art. Viele Ordensleute und ganze Klöster engagierten sich auch in der Forschung.
In den Jahren 1803 bis 1806 wurden durch die Säkularisation (Einziehung der Kirchengüter durch die weltliche Gewalt) sehr viele Klöster in Deutschland gewaltsam aufgelöst. Auch wenn manches Kloster innerhalb der folgenden 50 bis 100 Jahre wieder neu belebt wurde, die alte Bedeutung erlangten in Deutschland nur ganz wenige wieder. Deshalb muss man heute nach Österreich, besonders aber nach Italien schauen, um noch Klöster zu finden, die immer noch - oder in den letzten Jahren wieder - medizinische und hygienische Produkte herstellen und vertreiben. Auch aus den Ländern der ehemaligen Sowjetunion ist immer häufiger zu hören, dass dort Klöster in der medizinischen Versorgung der Landbevölkerung aktiv sind und auch selbst Kräuter anbauen und entsprechende Produkte herstellen.